Das Ziel der Wehrpflichtersatzabgabe ist in erster Linie, dass der Verfassungsgrundsatz der allgemeinen Wehrpflicht (Art. 59 BV) durchgesetzt wird. Die Wehrpflichtersatzabgabe entstand 1878 unter dem Namen Militärpflichtersatz als eine Folge der Zentralisierung des Wehrwesens durch die Bundesverfassung von 1874. Am 1. Januar 1917 wurde die Zuständigkeit für die Steuer vom Militärdepartement an die Kriegssteuerverwaltung des Finanzdepartements übertragen. Bis heute hat die Eidg. Steuerverwaltung die Aufsicht über die Kantone für die Erhebung der Abgabe, die im Jahr 2013 ca. 163 Millionen Franken einbrachte. Diese Aufsicht ist somit die längste durchgehende Aufgabe der ESTV.

Die Zuständigkeit der ESTV über die Erhebung der Militärpflichtersatzsteuer war an die Erwartung geknüpft, dass sich die kantonale Veranlagung verbessert. Der Bundesrat schrieb in seinem Geschäftsbericht 1917: «Die an die Neuordnung geknüpften Erwartungen sind nicht ausgeblieben. Es ist in den meisten Kantonen schon im Berichtsjahre den Taxationen zur Militärsteuer eine grössere Sorgfalt als bisher zugewendet worden, was in der nachfolgenden Aufstellung über den Anteil des Bundes an den Erträgnissen der Militärsteuer des Jahres 1917 zum Ausdruck kommt.»

Die Sorgfalt bei der Erhebung war gerade im Krieg umso wichtiger. Denn in Kriegszeiten war der doppelte Steuerbetrag fällig: «Solange nun unsere Wehrmänner in ausserordentlicher Weise zum Aktivdienst herangezogen werden, muss ebenfalls von den Wehrpflichtigen, die keinen Militärdienst leisten, eine erhöhte Militärsteuerleistung verlangt werden», schrieb der Bundesrat. So brachte die Steuer im Jahr 1918 5,4 Millionen Franken ein. Zusätzliche 1,1 Millionen Franken hatten Auslandsschweizer beigesteuert. Insgesamt zählte der Bund rund 280‘000 Ersatzpflichtige während des Ersten Weltkrieges. Eine erhöhte Aufmerksamkeit auf die Abgabe in Kriegszeiten zeigte sich auch während des Zweiten Weltkrieges. Es kam zu mehreren Reformbestrebungen. Im letzten Kriegsjahr beschloss der Bundesrat, dass die Anzahl geleisteter Diensttage an die Abgabe angerechnet werden könne.

In den vergangenen 20 Jahren kam es zu mehreren weitreichenden Reformen, wobei Reformen des Wehrwesens die Taktgeber waren. Insbesondere mit der Umstrukturierung zur Armee XXI wurde die Zahl Ersatzabgabepflichtiger verringert. Damit endete auch die Ersatzpflichtdauer für Dienstuntaugliche nach dem erfüllten 30. Altersjahr. Im Sinne der Wehrgerechtigkeit wurde das Abgabemass von 2 auf 3 % und die Mindestabgabe auf 200 Franken erhöht.
Im Jahr 2008 wurden dann die Mindestabgabe auf 400 Franken erhöht und Vergünstigungen sowie Doppelspurigkeiten mit der direkten Bundessteuer wie z.B. der Verheiratetenabzug und der Abzug der invaliditätsbedingten Kosten abgebaut. Auch die neue Rückerstattungsregel, die eine Rückerstattung erst erlaubt, wenn die Gesamtdienstleistungspflicht erfüllt ist, führte zu einer besseren Wehrgerechtigkeit.